Бесчестье
Действие происходит либо в альтернативной реальности, либо во сне. Радунхагейду будит его мать Гадзидзио, которая не погибла в пожаре. Радунхагейду не понимает происходящего, и почему на него одета волчья шкура вместо одеяния ассассина. Они подвергаются атаке синих мундиров — американских солдат. Оказывается, солдатами командует Джордж Вашингтон, которому каким-то образом в руки попало Яблоко Эдема установленное на скипетр. Обретенная сила свела Вашингтона с ума, он провозгласил себя королем, используя Яблоко, чтобы заставить людей подчиняться себе. Его верные соратники, Бенедикт Арнольд и Израэль Патнэм полностью преданы ему и являются генералами его армии. Гадзидзио попыталась украсть скипетр, но это ей не удалось. В ярости Вашингтон посылает свою армию уничтожить Фронтир и найти саму Гадзидзио. Радунхагейду и его мать возвращаются в свою деревню, где Мать Рода решает напоить всех воинов особым чаем из коры Великой Ивы, наделяющим их сверхчеловеческими способностями. Гадзидзио считает, что чай слишком опасен. Она передает Радунхагейду клинки Хейтема, который завещал их ему перед смертью. В это время Вашингтон нападает на деревню, с помощью артефакта убивает Гадзидзио, Радунхагейду же расстреливает из пистолетов и из мушкета. Спустя некоторое время Радунхагейду приходит в себя в пещере. Единственные оставшиеся в живых члены племени требуют от Радунхагейду пройти обряд и выпить чай. Во время видения, вызванного напитком, Радунхагейду наделяется духом волка и получает способность становиться практически невидимым на некоторое время в любой местности а также получает способность вызывать спиритических волков, которые убивают ближайших врагов. По возврату в пещеру он видит что синие мундиры нашли и убили всех оставшихся соплеменников. Радунхагейду узнает, что Вашингтон решил поработить всё и вся. Он освобождает группу индейцев-рабов и узнает, что Израэль Патнэм находится в заставе на Велли-Фордж. Подобравшись к нему, он видит Патнэма, в одиночку направляющегося на встречу с Арнольдом в назначенном форте. Чтобы выманить стражу, Радунхагейду освобождает пойманного медведя и в суматохе, не без помощи полученных способностей, проходит прямо под носом у солдат. Нанеся смертельный удар, Радунхагейду допрашивает Арнольда, который утверждает что был под контролем Яблока и не мог противиться Вашингтону. Он просит, Радунхагейду найти Бенджамина Франклина в Бостоне. Внезапно Радунхагейду оглушает Патнэм. Эпизод заканчивается тем, что Патнэм везет Радунхагейду Вашингтону, надеясь, что за его поимку Вашингтон отдаст ему Бостон.

Предательство
Оказавшись в качестве узника в Бостонской тюрьме, Радунхагейду снова встречается с Вашингтоном, который, вместе со своим ближайшим соратником Бенджамином Франклином, приходит посмотреть на «подарок» Патнэма. Вашингтон приказывает своим людям казнить Радунхагейду, а также его друга Ганадогона, которого ранее арестовал Франклин за помощь сопротивлению. Воспользовавшись способностью «волчий плащ», Радунхагейду совершает побег из камеры и освобождает Ганадогона. Вместе они начинают выбираться из тюрьмы. В какой-то момент Радунхагейду вспоминает, что у него осталась ещё одна порция чая из коры Великой Ивы. Выпив чай, он проходит ещё одно испытание разума и получает новую сверх-способность «Полет орла», позволяющую ему превращаться в орла и совершать короткие перелёты и внезапно бросаться на врагов с воздуха. С ее помощью друзья наконец выбираются из тюрьмы. Радунхагейду видит убегающего Франклина и пускается за ним в погоню. Догнав и ранив Бенджамина, он слышит слова раскаяния, из которых становится понятно, что Вашингтон контролировал разум Франклина, заставляя его совершать ужасные вещи. Неожиданно появляется сам Вашингтон. Радунхагейду вступает в неравную схватку, однако в итоге спасается бегством. Радунхагейду встречается в городе с Ганадогоном и Сэмюэлем Адамсом — лидером сопротивления. Вместе они разрабатывают план по захвату Франклина, который выжил после нападения и снова был подчинен королем. Радунхагейду успешно справляется с поставленной задачей. После поимки Бенджамин снова приходит в себя, раскаивается и клянется помочь в борьбе с Вашингтоном, который отбыл в Нью-Йорк. Сэмюэль Адамс не верит этому и приказывает убить Франклина, однако Радунхагейду вступается за него. Адамс и Ганадогон отбывают на Бостонский перешеек, чтобы просить помощи у начальника местного гарнизона, сочувствующего повстанцам, в том, чтобы незаметно покинуть Бостон и отправиться в Нью-Йорк. Радунхагейду в это время выполняет ряд поручений Франклина с целью изготовить из особого редкого металла некий предмет, который позже поможет проникнуть во дворец короля, оборудованный множеством ловушек. Через некоторое время Радунхагейду узнает о том, что на Бостонском перешейке произошла бойня между повстанцами и «синими мундирами», а его друзья Адамс и Ганадогон, вероятно, погибли. Он лично отправляется на место бойни и находит свидетельства их смерти. Вернувшись к Франклину, Радунхагейду сообщает печальную весть, а также говорит о том, что им нужно как можно быстрее покинуть Бостон. Замаскировавшись под «синего мундира», Франклин в сопровождении Радунхагейду отправляется к капитану Фолкнеру и просит его собрать команду. Однако оказывается, что отплытие невозможно — «Аквилла» захвачена людьми Вашингтона. Радунхагейду вызывается помочь, и в итоге возвращает корабль Фолкнеру. Появляется Патнэм с заложником Ганадогоном, который, как выяснилось, выжил во время бойни на Бостонском перешейке. Радунхагейду убивает Патнэма и спасает Ганадогона, после чего вместе с ним и Франклином отплывает в Нью-Йорк. По прибытии в Нью-Йорк, Радунхагейду видит огромный дворец короля Вашингтона, Масонская пирамида возвышающийся посреди города.

Избавление
Радунхагейду вместе со своими друзьями – Бенджамином Франклином, Ганадогоном и капитаном Фолкнером – прибывает в Нью-Йорк на корабле «Аквилла», чтобы найти и уничтожить Джорджа Вашингтона. У побережья их уже поджидает флот короля, в результате чего завязывается морское сражение. В ходе неравного противостояния бортовые пушки «Аквиллы» выходят из строя, после чего Радунхагейду приказывает всем членам команды прыгать за борт, а сам идет на таран вражеского линейного корабля. За секунду до столкновения Радунхагейду также прыгает за борт, после чего «Аквилла» пробивает борт линейного, и оба корабля идут ко дну. Тем временем Франклин выбирается на берег и тут же встречает Вашингтона, который пытается убить Бенджамина. Но внезапно ему на выручку приходит Ганадогон. Завязывается драка, в ходе которой Ганадогон погибает. Вашингтон и его люди уходят, а через какое-то время до берега наконец добирается Радунхагейду. Вместе с Франклином они решают разыскать в городе лидера местного сопротивления, Томаса Джефферсона. Но прежде чем отправиться на поиски, Радунхагейду решает выпить последнюю оставшуюся у него порцию чая из коры Великой Ивы. Пройдя очередное испытание разума, также известное как «подъем в небо», он получает «Силу медведя», новую сверх-способность, с помощью которой можно создавать мощную ударную волну, способную разом уничтожить целую толпу врагов. Далее выясняется, что как раз сейчас Джефферсон решил воспользоваться суматохой в гавани и повел своих людей на штурм королевского дворца – Масонской пирамиды, воздвигнутой прямо посреди Нью-Йорка. Однако повстанцы попали в ловушку, и лишь стараниями Радунхагейду им в итоге удалось выжить и отступить от пирамиды. Действия Радунхагейду на поле боя очень впечатлили Джефферсона, и он попросил того присоединиться к повстанцам в борьбе против Вашингтона. По его мнению, народное восстание против короля невозможно, пока люди голодают и едва стоят на ногах. Поэтому первой целью Радунхагейду стал крупный городской чиновник Джон Фитцуильямс, контролирующий все продовольственные склады города. Радунхагейду выслеживает и убивает Фитцуильямса, после чего крадет со склада наполненную едой повозку и отвозит ее в город, чтобы бесплатно раздать всем желающим. Следующий этап противостояния с королем – народные волнения в городе. Чтобы спровоцировать бунт, Радунхагейду ураганом проносится по городу и всячески пытается накалить обстановку – избивает продажных глашатаев, вешает на проводах королевских офицеров, уничтожает статуи Вашингтона и пушки патриотов. И наконец, когда страсти накаляются до предела, Джефферсон решает, что пора действовать. Нужно подать сигнал к началу восстания и начать штурм королевского дворца. В качестве сигнала было решено использовать подрыв порохового склада синих мундиров. Радунхагейду успешно справляется с поставленной задачей, после чего направляется к пирамиде, где уже вовсю идут ожесточенные бои. Проникнув внутрь, он обнаруживает следы, оставленные некогда его матерью, когда она посещала пирамиду, чтобы выкрасть скипетр Вашингтона. Идя по этим следам, Радунхагейду добирается до тронного зала и открывает его с помощью ключа, сделанного Франклином в Бостоне из особого металла. Однако Вашингтона не оказывается внутри. Тогда Радунхагейду забирается на самую вершину пирамиды и уже тут встречается лицом к лицу с королем. Происходит финальная битва, в которой Радунхагейду приходится использовать все свои сверх-способности, чтобы победить. После этого он добирается до выпавшего из рук Вашингтона «яблока», касается его и… Коннор приходит в себя в тот самый момент истинной реальности, о котором игрок может подробнее узнать из трех видеороликов, открываемых за нахождение всех фрагментов истиной памяти во Фронтире, Бостоне и Нью-Йорке. А именно – в тот момент, когда Джордж Вашингтон разыскал Коннора в лесу ночью у костра и рассказал ему о своей таинственной находке, «яблоке», о том, что его начали терзать странные видения, которым он не в силах сопротивляться, и которых боится. Вашингтон решил передать «яблоко» Коннору, однако когда тот прикоснулся к артефакту, произошла вспышка яркого света и «яблоко» породило ту самую альтернативную реальность, в которой Радунхагейду пришлось сразиться с королем-тираном. И лишь когда король был повержен, а Радунхагейду наконец коснулся артефакта, Коннор и Вашингтон снова пришли в себя, при этом сохранив воспоминания о том, что произошло. Решив, что «никто не должен обладать такой силой», Коннор отказывается принять артефакт, однако все же соглашается по просьбе Вашингтона отвезти и утопить «яблоко» в океане. Что впоследствии Коннор и делает. Сам же Вашингтон отправляется домой, где встречается со своим советником, который пытается убедить генерала в необходимости во благо нации трансформировать Соединенные Штаты в королевство, с королем Вашингтоном во главе. Однако Вашингтон решительно отказывается от предложения, и требует больше никогда даже не говорить об этом.