Дэвис был единственным сыном и наследником английского лорда, но после окончания Ливерпульских мореходных классов он, будучи двадцати одного года от роду, предпочел королевской службе судьбу пирата и на одном из кораблей отца вышел в море на поиски приключений.

Увлекаясь открытием и исследованием новых земель, Дэвис не упускал случая взять на абордаж испанское или французское судно. Он совершил ряд плаваний, которые поставили его имя в один ряд с известными мореплавателями... и пиратами. Так, ему принадлежит честь быть повторным открывателем (после викингов) Гренландии в 1585 году. Во второе плавание в 1586 году он открыл залив Камберленд Баффиновой Земли, подробно обследовал северо-американское побережье и определил точное местонахождение Гудзонова пролива. В третье плавание в 1587 году он вновь обследовал Гренландию, продвинувшись на север до 72° 12′ с. ш. Созданные им точные карты проложили путь для последующих исследователей — таких как Гудзон, Баффин. Проводимые им наблюдения способствовали развитию английского китобойного промысла. Дэвис является изобретателем нескольких навигационных инструментов, в том числе двойного квадранта Дэвиса. Также он автор книг по мореходному делу.

В книге "Пираты Америки Эксквемелин так описал Джона Дэвиса:

Довольно долго он крейсировал в заливе Покатауро, надеясь встретить корабль, который ходил из Картахены в Никарагуа. Но это ему не удалось, и он решил со всей своей командой отправиться к реке Никарагуа, оставить судно около устья и подняться вверх по течению на каноэ. С наступлением ночи они намеревались войти в город и разграбить дома самых богатых торговцев. На его корабле было девяносто человек и три каноэ. Пираты оставили на судне человек десять, а все остальные сели в каноэ. Дождавшись ночи, они действительно вошли в реку, а днем спрятались среди деревьев (точно так же они скрыли и свой корабль, чтобы его не заметили индейцы, которые ловили рыбу в устье реки). На третьи сутки, где-то около полуночи, они добрались до города. Стража приняла их за рыбаков, промышляющих в лагуне: ведь часть из них хорошо говорила по-испански. Кроме того, среди них был индеец как раз из тех мест. В свое время он бежал, поскольку испанцы хотели обратить его в рабство. Индеец выпрыгнул на берег и убил стражника. После этого пираты пробрались в дома трех или четырех именитейших горожан и забрали все деньги, которые смогли обнаружить. Потом разграбили и церковь. Но тут один из церковных служек, вырвавшись из рук пиратов, поднял крик на весь город. Горожане и солдаты тотчас же пробудились, однако пиратам удалось скрыться, захватив с собой всю добычу, какую они смогли унести. Кроме того, они успели захватить с собой пленников, рассчитывая в случае погони использовать их как заложников. Вскоре они добрались до берега, поспешно сели на корабль и вышли в открытое море. Пленникам же велено было вместо выкупа добыть пиратам столько мяса, сколько им было нужно, чтобы добраться до Ямайки. Когда пираты еще были в устье реки, на берег высыпало человек пятьсот испанцев, вооруженных ружьями. Пираты дали по ним залп из пушек. Таким образом, испанцам оставалось лишь бессильно горевать, видя, как уплывает их добро, и проклинать тот миг, когда пираты высадились на берег. Для них было совсем непостижимо, как у пиратов хватило смелости подойти к городу с гарнизоном в восемьсот человек да еще лежащему от берега по меньшей мере в сорока милях. Да к тому же еще пиратам удалось разграбить город за такой короткий срок! Пираты захватили чеканного золота, серебряной посуды и ювелирных изделий на сорок тысяч с лишним реалов! Вскоре разбойник высадился со своей добычей на Ямайке, довольно быстро все прокутил и снова вынужден был отправиться на поиски приключений. Он собрал довольно много пиратов, а поскольку был хорошим командиром, его провозгласили капитаном флотилии из восьми кораблей. На этот раз пираты решили отправиться к северным берегам Кубы в надежде подстеречь флот, идущий из Новой Испании; в случае удачи они могли захватить один из кораблей этого флота, однако им не повезло. Чтобы не возвращаться с пустыми руками, они решили пройти вдоль берегов Флориды, высадиться и захватить городок Сан-Аугустин-де-ла-Флорида. В этом городке была крепость с двумя ротами солдат. Однако хоть там она и была, но пираты успешно разграбили город и захватили огромную добычу, не понеся почти никаких потерь.

У выхода из Магелланова пролива в Атлантику небольшой пиратский корабль «Black Death» («Черная смерть») под командованием Дэвиса, ранее входивший в эскадру Кэвендиша, 21 марта 1592 года атаковал галеон «Инфанта», везший золото из Перу в Испанию. У этого события была романтическая предыстория. Незадолго до этого пираты захватили в Карибском море французское судно, и капитан Дэвис взял в плен юную путешественницу графиню Терезу де Бурже. Сорокадвухлетний Дэвис предложил графине руку и сердце.

Тереза де Бурже жаждала острых ощущений, но ей не чужда была и практичность. Понимая, что жена пирата потеряет наследство — как свое, так и мужа,— она желала обеспечить свое будущее. Дэвис обещал все устроить, и тут подвернулась «Инфанта». Вот уже в борт галеона вцепились абордажные крючья, когда Дэвис заметил три военных испанских судна, составлявших эскорт галеона. С трудом расцепившись, Дэвис на всех парусах устремился в открытое море. На третий день преследуемые оказались вблизи скалистой гряды — обойти ее было невозможно, а на хвосте висели испанцы. На счастье пиратов, неожиданно спустился туман и стих ветер. Команда корабля «Black Death» спустила шлюпки и принялась буксировать корабль к берегу. Укрыв его за скалами, англичане оставили на открытых камнях доски, запасные мачты, обрывки парусов и разбитую шлюпку. Испанцы сочли пиратов погибшими и повернули назад.