Борис стал опричником, женился на дочери царского любимца Малюты Скуратова. С начала 1570-х начинается возвышение Годуновых, сам Борис Фёдорович, хотя и стал боярином в сентябре 1580 года, но в круг близких царю Ивану Грозному людей ещё не входил. Зато показательна возросшая роль семьи: на этой свадьбе присутствовал целый клан Годуновых. Они медленно, но верно поднимались по иерархической лестнице: в конце 1570-х — начале 1580-х гг. они выиграли сразу несколько местнических дел, обретая довольно прочное положение среди московской знати.

Годунов был умён и осторожен, стараясь до поры до времени держаться в тени. На его сестре Ирине женат был сын царя, Фёдор. До 1584 Годунов не был близок к царю. Однако некоторые поступки и замыслы Грозного коренным образом затрагивали интересы Годуновых. В последний год жизни царя Борис Годунов обрёл большое влияние при дворе. Вместе с Б. Я. Бельским он стал одним из приближенных людей Ивана Грозного.
Когда новым царем стал Федор Иванович, в биографии Бориса Годунова была занята важная роль в совете. С 1587 года он являлся фактическим правителем, поскольку сам царь Федор не мог управлять страной. Благодаря деятельности Годунова был избран первый патриарх, построен водопровод в Москве, началось активное строительство, была установлена крепостная зависимость.

После смерти наследника Дмитрия и царя Федора династия правителей Рюриковичей оборвалась. А 17 февраля 1598 года в биографии Бориса Годунова состоялось весьма важное событие. На Земском соборе его избрали царем. Однако страшный голод и кризис в стране в 1601-1602 годах пошатнул популярность царя. Вскоре начались бунты среди народа.

Трехлетний голод и разруха ввергли страну в состояние апатии. Повсюду чувствовалась усталость. Боеспособность дворянского ополчения упала. Государство вступило в полосу военных неудач. Бывший военный слуга и расстрига Отрепьев, оказавшись на гребне народного движения, ставший самозванным Дмитрием, попытался сыграть роль атамана и народного вождя, но подлинные интересы народа были ему глубоко чужды. В основе повсеместных выступлений против Годунова лежал стихийный протест угнетенных масс, которые, однако, не могли выдвинуть вождей и осмыслить задачи. Именно это и позволило авантюристу, явившемуся в подходящий момент, воспользоваться движением в корыстных целях. Обуреваемый страхом перед самозванцем, Годунов не раз засылал в его лагерь убийцу.

Главной причиной “смерти” был , конечно, крепостнический курс правящих верхов. Борис вынужден был расплачиваться за свою политику. Он видел кругом смятение умов, измену. Агитация в пользу “доброго” царя распространялась повсюду, словно поветрие. Бессилие порождало жестокость. После расправы с вождем повстанцев - Хлопком в 1603 году пытки и казни превратились в повседневное явление. Восставшие холопы, посадские люди, крестьяне не могли рассчитывать на снисхождение. Крепостническое государство старалось виселицами оградить себя от народного гнева. В наиболее жестоких формах террор применялся в отношении низов, а не дворянства.

13 апреля 1605 года Борис скоропостижно умер в Кремлевском дворце. Передавали, будто он из малодушия принял яд. Но то были пустые слухи. Причиной смерти его явился апоплексический удар. Бояре не оставили в покое прах Бориса. Они извлекли его труп из Архангельского собора и закопали вместе с останками жены и сына, которых задушили на заброшенном кладбище за городом.

В правление Бориса Годунова в судьбах России произошел крутой перелом. Фактический преемник Грозного, Годунов расширил и упрочил дворянские привилегии. В стране утвердилось крепостное право. Законы против Юрьева дня доставили Борису поддержку феодальных землевладельцев. Но против него восстали социальные низы. Падение династии Годуновых послужило прологом к грандиозной крестьянской войне, потрясшей феодальное государство до основания.