За время 15-летнего испанского правления коренное население сократилось на 80%. Эпидемии и нарушение естественного природного баланса были тому причиной. Новые колонисты насаждали свой, привычный им образ жизни, свои традиции, в том числе и в области земледелия. Виноград и злаковые культуры так и не прижились на острове, интенсивное выращивание крупного рогатого скота вытеснило вековые индейские продовольственные культуры, изнурительная работа на испанцев отвлекала население от привычных повседневных занятий. Болезни Старого Света, против которых у индейцев не было иммунитета, уносили множество жизней. Не редки были случаи коллективных самоубийств как формы протеста против гнета завоевателей. Геноцид индейского населения и как результат его резкое сокращение вынудили испанцев искать другие источники рабочей силы — начался ввоз африканских рабов.
Вне всякого сомнения, небольшая Эспаньола не могла выдержать конкуренцию с таким мощным производителем сахарного тростника, как Бразилия, куда и отправилось большинство колонистов.
С 11 января по 10 февраля 1586 г. легендарный пират англичанин Фрэнсис Дрейк осаждал Санто Доминго, требуя с города огромный выкуп.
В 1603 г. испанское правительство решило сконцентрировать колонистов вокруг столицы, чтобы затруднить их контакты с контрабандистами, торговля с которыми была для местных жителей более выгодна, чем торговля с метрополией.
В 1682 году Ла Эспаньола была разделена Испанией и Францией на две колонии. Западная часть острова с территорией в 27,750 кв.км становилась колонией Франции, а восточная часть острова с территорией в 48,734 кв.км оставалась за Испанией.
Воспользовавшись моментом, французы в 1695 году высадились на остров Тортуга и заняли западную часть Эспаньолы. Эта попытка подорвать испанское господство была успешной, и остров был поделен между Францией и Испанией. Начался новый период в истории страны.
В 1791 г. на острове вспыхнуло восстание рабов под предводительством Туссена Лувертюра, ставшего впоследствии французским губернатором острова, а 29 августа 1793 г. парижский Конвент официально отменил рабство. Между 1793 и 1795 гг. Эспаньола была захвачена англичанами и испанцами, а затем весь остров отошел к Франции, которая отныне обладала самой богатой островной колонией в Новом Свете, в которой проживало 30000 колонистов и 500000 рабов.
1 января 1804 года западная часть заявила о своей независимости и назвала себя Республикой Гаити. В
1 января 1804 г. была провозглашена Республика Гаити.
В 1805 г. гаитянская армия захватила восточную часть острова, но испанцы при поддержке британского флота выиграли эту войну
1821 году доминиканцы также приобретают независимость, «Независимого Испанского Государства Гаити», , однако она была эфемернакоторое было захвачено в январе 1822 г.
1822 году гаитянцы захватывают контроль над всем островом на 22 года войсками президента республики Гаити Жана Пьера Боайе, провозгласившего остров единым и неделимым.
В 1844 г. после 22-х летней оккупации страна окончательно разделилась на 2 части: Республику Гаити и Доминиканскую Республику. Отцы-основатели Доминиканской Республики Хуан Пабло Дуарте, Франсиско дель Розарио Санчес и Рамон Матиас Мейа вели долгую борьбу за отделение от Гаити, создав в 1839 г. тайное общество «Тринитария», в которое вошли представители местной буржуазии.
С 1884 г. страной правит Улис Ере, диктаторский режим которого залил республику кровью.
Но в 1844 году, благодаря героической деятельности Хуана Пабло Дуарте (Juan Pablo Duarte), а также Санчеса (Sanchez) и Мелья (Mella), в дальнейшем провозглашённых отцами родины и ставшими национальными героями и идолами, страна была освобождена от гаитянского правления и вновь стала колонией Испании вплоть до 1861 года.
Однако разногласия внутренних политических группировок привели к тому, что в 1861 г. генерал Сантана — президент Доминиканской Республики, опасаясь растущих захватнических амбиций Гаити, официально просит протекции Испании, и страна вновь, на 4 года, становится испанской колонией.
16 августа 1863 г. в горах Капотийо оппозиция провозглашает реставрацию Доминиканской Республики, что привело к войне, закончившейся рождением второй республики. Далее последовали годы политического и экономического хаоса и жесткой борьбы за власть. Была предпринята попытка заручиться поддержкой США, но американский сенат отверг это предложение.
А в 1863 году 27 февраля Доминиканская Республика получает независимость и с тех пор отмечает этот день каждый год карнавальным шествием и множеством других празднеств.
А в 1916 г. высадка американского военного десанта положила начало политической и экономической зависимости страны от Соединенных Штатов, подчинению интересов страны интересам могущественного соседа и установлению военного правящего режима.
В 1916 году Соединённые Штаты Америки оккупируют в течении восьми лет страну как гаранта оплаты долгов латиноамериканскими и европейскими банками.
История Доминиканской республики, как и большинства латиноамериканских стран, богата диктаторами и переворотами. Самым знаменитым диктатором был Рафаэль Леонидас Трухильо (Rafael Leonidas Trujillo), угнетавший доминиканский народ с 1930 года более 30 лет
В 1961 г. Рафаэль Леонидас Трухильо был свергнут, и Доминиканская Республика приобрела свободу